Rahoitus
Lakisääteisiin aluekehitys- ja maakunnan suunnittelutehtäviin kunnat saavat jonkin verran ns. yleistä valtionosuutta. Lähinnä alueiden elinkeinotoiminnan omaehtoiseen kehittämiseen liitot saavat vuosittain valtion talousarviossa osoitetun ja sitomattoman maakunnan kehittämisrahan. Se on runsaat 30 miljoonaa euroa, mutta valitettavasti käyttöehdot eli sidonnaisuus Valtioneuvoston päättämiin ohjelmien toteuttamiseen on jatkuvasti kasvanut.
Organisaatio
Maakuntavaltuusto
Liiton ylintä päätösvaltaa käyttää maakuntavaltuusto. Kooltaan suurin valtuusto on Varsinais-Suomen liitossa, 100 jäsentä, kun taas pienimmissä on noin 30 jäsentä. Jäsenkunnista valitaan edustajat valtuustoon vaalikaudeksi eli neljäksi vuodeksi. Jäsenkunnan edustajien lukumäärä määritellään kunnan asukaslukuun perustuen liiton perussäännössä. Kuntalain 86 a §:n mukaan juuri tämän kuntayhtymän valtuuston kokoonpanon on vastattava koko maakunnan poliittisten ryhmien ääniosuuksia. Lisäksi maakuntavaltuuston jäseneksi voivat päästä vain jäsenkuntien kunnanvaltuutetut. Kun myös sukupuolten välinen tasa-arvo on turvattava, on maakunnan liitossa varmistettu, että lain vaatimukset täyttävä valtuusto valitaan erityisessä kuntien edustajainkokouksessa 4-vuosittain. Maakuntavaltuustot kokoontuvat yleensä vain kaksi kertaa vuosittain.
Maakuntahallitus
Liiton asian valmistelu-, toimeenpano- ja hallintoelimenä on maakuntavaltuuston valitsema alueen poliittisia voimasuhteita edustava hallitus. Kooltaan suurin hallitus on Uudenmaan liitossa (20 jäsentä) ja pienin Etelä-Karjalassa (9 jäsentä). Hallitukset pitävät kokouksiaan yleensä kerran kuukaudessa.
MYR = Maakunnan yhteistyöryhmä
MYR:n tehtävät perustuvat sekä rakennerahastolakiin että aluekehityslakiin. Tärkein tehtävä MYR:llä on EU-ohjelmien valmistelu sekä täytäntöönpanoon liittyvä EU-varojen ohjaus sekä rahoituslausunnot eri hankkeista. Kansallisen aluepolitiikan osalta tärkein tehtävä on osallistua maakuntaohjelman valmisteluun ja toteutukseen.
Maakunnan liiton toimisto
Hallituksen apuna toimii liiton toimisto. Toimistoa johtaa maakuntajohtaja, joka toimii esittelijänä hallituksen kokouksissa ja on muun henkilöstön esimies.
Liitojen kokonaishenkilöstö on n. 650, joista on määräaikaisia ja projektihenkilöitä on n. 100. Suurimmassa liitossa eli Uudellamaalla työskentelee 65 henkilöä ja pienimmässä eli Keski-Pohjanmaalla 16 henkilöä. Henkilöstöllä on monipuolinen koulutus ja pitkäaikainen kokemus alansa tehtäviin. Yli puolet on suorittanut akateemisen loppututkinnon ja joka liitossa on huolehdittu henkilöstön kielitaidon kohottamisesta kansainvälisten yhteyksien edellyttämälle tasolle.