Ympäristöterveydenhuollon valvonta on pääsääntöisesti suunnitelmallista ja maksullista, mutta mahdollisista epidemian selvityskustannuksista vastaa kuitenkin kunta.
Laki ympäristöterveydenhuollon yhteistoiminta-alueesta (410/2009) edellyttää, että kuntien on järjestettävä ympäristöterveydenhuolto sellaisessa yksikössä, jossa ympäristöterveydenhuollon tehtävien hoitamiseen on käytettävissä vähintään 10 henkilötyövuoden resurssit. Kaikki ympäristöterveydenhuoltoon kuuluva lainsäädäntö on keskitettävä samalle toimielimelle.
Ympäristöterveydenhuollossa Kuntaliitto valvoo kuntien etua sekä ohjaa ja neuvoo kuntia erityisesti hallintoon, maksullisuuteen ja seutuyhteistyöhön liittyvissä asioissa.