Kuntaliiton neuvottelukunnat ottavat kantaa opetus- ja kulttuuriasioihin, sosiaali- ja terveysasioihin sekä pienten kuntien ja ruotsin- tai kaksikielisten kuntien asemaan. Maakuntien liittojen puheenjohtajien kokous hoitaa maakuntien liittojen edunvalvontaa. Työmarkkina-asioissa ylintä päätösvaltaa käyttää Kunnallisen työmarkkinalaitoksen valtuuskunta.
Kuntaliiton hallituksen puheenjohtajana toimii kansanedustaja Rakel Hiltunen Helsingistä ja valtuuston puheenjohtajana maakuntaneuvos Pekka Nousiainen Savonlinnasta. Hallituksen puheenjohtaja toimii liiton puheenjohtaja